本會隸屬於臺北市政府,為本府一級機關,置主任委員、副主任委員及主任秘書,下設4組1機構,組織架構圖如下:
會本部包含主任委員、副主任委員、主任秘書及秘書等。 本會各單位職掌如下:
一、綜合企劃組:原住民族之政策訂定、權益保障、研究發展與施政計畫及綜合業務等事項。
二、教育文化組:原住民族教育及文化推廣、教育發展、語言保存、藝術、體育及其他人才培育等事項。
三、經濟建設組:原住民職業訓練與就業輔導、創業貸款、文化產業通路之開發、公營市場攤位轉介登記及其他經濟產業發展相關輔導等事項。
四、社會福利組:負責原住民生活扶助、急難救助、醫療保健、兒童與老人福利保障、婦女與青少年權益維護、住宅政策規劃與執行、原住民社會團體之輔助及指導等事項。
五、主計機構:辦理歲計、會計及統計業務等事項。